Debido a que la guerra en China se prolongaba más de lo planeado, los oficiales nacionalistas del Ejército Guandong reanudaron la lucha por el control de Mongolia y Siberia con Rusia. En la primavera de 1939, fuerzas soviéticas y japonesas chocaron en la frontera de Mongolia. El 8 de mayo, 700 jinetes mongoles cruzaron el río Khalka, río que los japoneses consideraban como la frontera de Manchukuo, pero los gobiernos soviético y mongol consideraban que la frontera se encontraba 35 kilómetros más al este. Las fuerzas mongolas y manchúes empezaron a dispararse, y en pocos días sus patrones soviéticos y japoneses habían enviado grandes contingentes militares, lo que derivó inmediatamente en una lucha, que condujo a una guerra a gran escala que duró hasta septiembre. La creciente presencia japonesa en el Lejano Oriente, fue vista por la Unión Soviética como una amenaza estratégica importante, y los soviéticos temían tener que luchar en una guerra de dos frentes, lo que fue una de las principales razones para el Pacto Ribbentrop-Mólotov con los nazis. Al final, los japoneses fueron derrotados decisiva mente por los soviéticos bajo el mando del general Georgi Zhúkov en la batalla de Khalkhin Gol.